On parle souvent de santé, mais rarement de ce qui la gouverne en silence : notre microbiote intestinal.
Véritable écosystème vivant, il influence bien plus que la digestion, immunité, énergie, humeur, tout y passe. Lorsqu’il est équilibré, notre corps fonctionne de manière optimale ; lorsqu’il est perturbé, les déséquilibres s’installent sans prévenir. Et si la clé de notre bien-être global se trouvait justement dans cet univers invisible que nous nourrissons chaque jour ?
Qu’est-ce qu’un microbiote ?
Le microbiote est l’ensemble des bactéries, des champignons et d’autres micro-organismes qui vivent naturellement dans une partie du corps (intestin, peau, bouche, vagin …) et qui participent à son bon fonctionnement.
Le microbiote intestinal correspond à l’ensemble des micro-organismes (plus de 100 000 milliards et pèsent entre 1 et 2 kg) qui résident ou transitent dans le tube digestif humain. Ils sont principalement anaérobies stricts (vivant en l’absence d’oxygène) et entretiennent avec l’hôte une relation de mutualisme : ils tirent un bénéfice de l’environnement intestinal et, en retour, contribuent à de nombreuses fonctions physiologiques essentielles.
Il comprend :
- des bactéries (les plus nombreuses)
- des virus (principalement des bactériophages, qui infectent les bactéries)
- des champignons microscopiques (mycobiote)
- des archées (micro-organismes unicellulaires productrices de méthane…)
La majorité de ces micro-organismes se trouve dans le côlon, où les conditions environnementales (pH, anaérobiose, disponibilité en nutriments) sont particulièrement favorables à leur développement.
Les bactéries intestinales appartiennent principalement à plusieurs grands phylum (deuxième dans la classification classique des espèces vivantes, le premier étant le règne) :
- Firmicutes (dont Faecalibacterium prausnitzii, un acteur majeur anti-inflammatoire)
- Bacteroidetes
- Actinobacteria (dont les Bifidobacterium)
- Proteobacteria (dont les Escherichia coli)
Chaque individu possède un microbiote unique, comparable à une empreinte biologique personnelle qui évolue au cours de la vie selon :
- la génétique
- le mode de naissance
- l’âge
- l’alimentation
- l’environnement
- l’activité physique
- la prise de médicaments (notamment antibiotiques, inhibiteurs de la pompe à protons)
- le style de vie
Un microbiote sain se caractérise par une grande diversité bactérienne (indice de Shannon élevé) et la présence de bactéries clés comme Faecalibacterium prausnitzii, dont la diminution est associée à plusieurs pathologies inflammatoires.
Qu’est-ce que l’eubiose ?
L’eubiose est l’état d’un microbiote équilibré ou « normal ». Les conditions et la physiologie de l’hôte sont optimales pour que le microbiote puisse offrir ses effets bénéfiques.
Comment le microbiote se développe et évolue-t-il ?
Le microbiote intestinal commence à se développer dès la naissance, voire potentiellement in utero selon des travaux récents (présence d’un microbiote placentaire et dans le liquide amniotique, encore débattus).
Lors d’un accouchement par voie basse, le nouveau-né est exposé aux bactéries du microbiote vaginal et intestinal de la mère.
En revanche, lors d’une césarienne, la colonisation bactérienne provient davantage de l’environnement hospitalier et de la peau des personnes en contact avec l’enfant. Cette différence peut influencer la composition du microbiote durant les premiers mois de vie et a été associée à un risque légèrement accru de maladies allergiques et métaboliques.
Ensuite, l’alimentation joue un rôle déterminant dans le développement du microbiote.
Le lait maternel contient des bactéries bénéfiques et des oligosaccharides du lait maternel (HMO) qui nourrissent sélectivement certaines bactéries protectrices, notamment les Bifidobactéries.
Chez les nourrissons nourris au lait maternel, le microbiote est généralement plus riche en ces bactéries bénéfiques et plus diversifié.
Vers l’âge de 2 à 3 ans, la composition du microbiote intestinal devient relativement stable et se rapproche de celle de l’adulte. Cependant, il reste influençable tout au long de la vie par de nombreux facteurs.
Quels sont les rôles du microbiote ?
Le microbiote intestinal exerce de multiples fonctions indispensables au bon fonctionnement de l’organisme.
Premièrement, certaines fibres alimentaires ne pouvant pas être digérées par les enzymes humaines seront fermentées par le microbiote intestinal pour produire des acides gras à chaîne courte (AGCC) :
- acétate : utilisé en périphérie pour la lipogenèse et la signalisation cérébrale
- propionate : substrat de la gluconéogenèse hépatique, effet anorexigène
- butyrate : principal nutriment des colonocytes, propriétés anti-inflammatoires
Ces acides gras à chaîne courte nourrissent les cellules de la paroi intestinale, participent à la régulation de l’inflammation et contribuent au maintien de l’intégrité de la barrière intestinale. Une alimentation riche en légumes, fruits et céréales complètes favorise la production de ces AGCC bénéfiques.
Certaines bactéries intestinales participent à la synthèse de vitamines indispensables à l’organisme, notamment la vitamine K (impliquée dans la coagulation) et les vitamines du groupe B (B1, B2, B3, B5, B6, B8, B9, B12), qui interviennent dans le métabolisme énergétique et le fonctionnement du système nerveux.
Le microbiote intestinal agit également comme une barrière naturelle contre les micro-organismes pathogènes par un mécanisme appelé résistance à la colonisation.
Les bactéries bénéfiques occupent l’espace écologique, consomment les nutriments disponibles et produisent des substances antimicrobiennes (bactériocines, acides gras à chaîne courte), ce qui limite la prolifération de bactéries nuisibles.
Lorsque certaines bactéries pathogènes tentent de coloniser l’intestin, les bactéries du microbiote empêchent leur implantation.
Environ 70 % des cellules immunitaires se trouvent dans l’intestin (tissu lymphoïde associé aux muqueuses).
Le microbiote joue un rôle fondamental dans la maturation du système immunitaire néonatal, la reconnaissance des agents pathogènes et la prévention des réactions inflammatoires excessives.
Un microbiote équilibré, riche en bactéries productrices de butyrate comme Faecalibacterium prausnitzii, contribue à maintenir un état de tolérance immunitaire et à réduire le risque d’infections, d’allergies et de maladies inflammatoires.
Le microbiote intestinal communique avec le cerveau par l’intermédiaire de l’axe intestin-cerveau, un régime alimentaire équilibré joue un rôle déterminant dans le maintien d’une paroi intestinale saine et un bon fonctionnement du système nerveux autonome.
Une alimentation naturelle, variée, équilibrée, et riche en fibres solubles (avoine, lentilles, quinoa…), en polyphénols (fruits et légumes), en probiotiques naturels (aliments fermentés), et en prébiotiques favorise la diversité du microbiote intestinal.
À l’inverse, certains aliments sont considérés comme “mauvais”, car ils ont tendance à déséquilibrer la flore intestinale et à limiter sa diversité : aliments ultra-transformés et frits, sucres raffinés (soda, pâtisserie…), graisses saturées (charcuterie…), viandes rouges, édulcorants artificiels, émulsifiants, conservateurs, alcool et tabac.
Les bactéries intestinales produisent des substances pouvant influencer l’humeur, le stress et le sommeil. Des études suggèrent un lien entre dysbiose et troubles tels que l’anxiété, la dépression et certaines maladies neurologiques (maladie de Parkinson, sclérose en plaques).
Le microbiote intestinal participe également au métabolisme de nombreux médicaments. Cette interaction est un champ de recherche majeur en pharmacologie.
Que se passe-t-il quand il y a un déséquilibre ?
La dysbiose intestinale correspond à un déséquilibre qualitatif et/ou quantitatif du microbiote intestinal et se caractérise généralement par une diminution de la diversité bactérienne, une réduction des bactéries bénéfiques (ex : Faecalibacterium prausnitzii, Bifidobacterium) et une augmentation de bactéries potentiellement pathogènes (ex : Proteobacteria, Clostridioides difficile)
Ce déséquilibre peut entraîner une altération de la barrière intestinale (augmentation de la perméabilité) et favoriser une inflammation chronique de bas grade.
Important : Dans de nombreuses pathologies (obésité, diabète de type 2, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin), la relation entre dysbiose et maladie est bidirectionnelle c’est-à-dire que la dysbiose peut être à la fois une cause et une conséquence de la maladie, ce qui nuance les approches thérapeutiques.
La dysbiose est associée à plusieurs pathologies:
- Les troubles digestifs fonctionnels qui se traduisent par des ballonnements, des douleurs abdominales, des diarrhées et des constipations.
Dans certains cas, ces symptômes sont liés au syndrome de l’intestin irritable (SII), pour lequel des modifications du microbiote sont documentées.
- Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin telles que la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique.
Chez ces patients, on observe une diminution marquée de Faecalibacterium prausnitzii, dont l’abondance est corrélée à un risque moindre de récidive postopératoire.
- Les troubles métaboliques dont l’obésité (notamment via un déséquilibre du ratio Firmicutes/Bacteroidetes), le diabète de type 2 (diminution des producteurs de butyrate) et le syndrome métabolique.
- Les cancers : certaines dysbioses sont associées à un risque accru de cancer.
Des bactéries comme Fusobacterium nucleatum et certaines souches d’Escherichia coli productrices de colibactine (génotoxine) sont retrouvées en abondance dans les tumeurs colorectales et pourraient jouer un rôle dans la carcinogenèse.
- Les troubles immunitaires
Un microbiote perturbé peut favoriser les allergies (eczéma atopique, asthme), les maladies auto-immunes (polyarthrite rhumatoïde, sclérose en plaques) et l’inflammation chronique systémique.
Qu’est ce qui modifie et déséquilibre donc notre microbiote initial ?
- Les antibiotiques sont indispensables en cas d’infection, mais ils peuvent également détruire une partie des bactéries bénéfiques et l’impact varie selon la classe :
Les macrolides et fluoroquinolones peuvent altérer la diversité bactérienne pendant plusieurs mois
Les bêtalactamines ont généralement un effet plus transitoire
Après un traitement antibiotique, certaines personnes peuvent développer diarrhée, ballonnements ou troubles digestifs. Dans ces situations, l’utilisation de probiotiques est souvent recommandée pour aider à restaurer la flore intestinale.
- L’alimentation : les mauvais aliments cités précédemment) peuvent perturber l’équilibre du microbiote et altérer la barrière intestinale,
- Le stress chronique peut modifier la composition du microbiote intestinal via l’axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien et augmenter la perméabilité intestinale et favoriser l’apparition de troubles digestifs,
- Les infections digestives bactériennes ou virales peuvent perturber durablement l’équilibre du microbiote,
- La ménopause marquée par la chute des œstrogènes, provoque une dysbiose (déséquilibre microbien), particulièrement au niveau vaginal et intestinal.
Après une gastro-entérite, la flore intestinale peut mettre plusieurs semaines à se rétablir, et dans certains cas, une dysbiose persistante s’installe.
Quand supplémenter en PRObiotiques et en PREbiotiques ?
- Le probiotique apporte des micro-organismes vivants (colonisation transitoire ou non)
- Le prébiotique nourrit les micro-organismes bénéfiques déjà présents
Symbiotique : association d’un probiotique et d’un prébiotique dans un même produit (ex: certains compléments alimentaires).
Probiotique | Prébiotique | |
Définition | Micro-organismes vivants conférent un bénéfice santé lorsqu’ils sont administrés en quantité adéquate | Substrats non digestibles qui stimulent sélectivement la croissance ou l’activité des bactéries intestinales bénéfiques |
Principaux types | – Lactobacillus – Bifidobacterium – Saccharomyces boularii – … | Fructo-oligosaccharides (FOS) Inuline Galacto-oligosaccharides (GOS) |
Particularité clé | Saccharomyces boularii est une levure résistante aux antibiotiques, indiqué notamment dans la prévention des diarrhée associées aux antibiotiques | Agissent comme « nourriture » des bactéries intestinales, favorisant leur croissance |
Mode de prise | A distance des antibiotiques (2 à 3 heures) pour préserver leur efficacité | A prendre de préférence au début des repas pour une meilleure tolérance digestive |
Précaution / contre-indication | Contre-indiqué chez les patients immunodéprimés sévère (risque infectieux rare mais possible), sauf avis médical spécialisé | Peuvent entrainer ballonnements et flatulences, surtout en début de prise ou à forte dose |
Spécificité d’action | Effet dépendant de la souche : non interchangeable d’une souche à une autre | Action plus globale sur le microbiote (effet non spécifique) |
Bénéfices principaux | – réduction de la durée des diarrhées aigues – prévention des diarrhées post antibiotiques – amélioration des symptômes du syndrome de l’intestin irritable – soutien du microbiote chez le nourrisson | – amélioration du transit intestinal – effet bénéfique sur la constipation – augmentation de l’absorption du calcium – réduction potentielle de certains marqueurs métaboliques (ex : lipides) |
Comment préserver alors un microbiote intestinal sain ?
Avoir une alimentation équilibrée riche en légumes :
- fruits et légumes variés (30 espèces végétales par semaine est un objectif souvent cité)
- légumineuses (lentilles, pois chiches, haricots)
- céréales complètes (avoine, quinoa, riz complet)
- aliments fermentés (yaourt, kéfir, choucroute, kombucha, miso)
- probiotiques (asperges, fonds d’artichauts, oignons, ail, poireaux, bananes peu mûres, fruits secs, avoine, orge, seigle, blé complet, graines de lin, lentilles, pois chiches, haricots secs)
Pratiquer des activités physiques régulières favorise la diversité du microbiote intestinal, augmente l’abondance de bactéries productrices d’AGCC et améliore le métabolisme
Limiter les facteurs de risque
- Éviter l’usage inapproprié d’antibiotiques
- Limiter les aliments ultra-transformés et les sucres raffinés…
- Gérer le stress (méditation, exercice, sommeil)
Quels sont les avancées thérapeutiques ?
La transplantation de microbiote fécal (TMF)
Dans certaines situations médicales graves, une transplantation de microbiote fécal peut être réalisée. Cette technique consiste à transférer le microbiote intestinal d’un donneur sain (rigoureusement sélectionné) vers un patient afin de restaurer un équilibre microbien. C’est un traitement de dernier recours de l’infection multi récidivante à Clostridium difficile dans un établissement spécialisé (taux de succès >80%).
Les POSTbiotiques
Ce sont des préparations de micro-organismes inanimés et/ou de leurs composants (peptidoglycanes, protéines membranaires) conférant un bénéfice pour la santé de l’hôte.
Les postbiotiques sont les produits finaux de la fermentation opérée par les probiotiques.
Le postbiotique le plus documenté, le butyrate, est une source d’énergie essentielle pour les cellules du côlon. Il contribue à renforcer la barrière intestinale et favorise un transit plus harmonieux. Certains postbiotiques possèdent des propriétés anti-inflammatoires. Ils aident ainsi à réduire les inconforts liés à un intestin sensible et soutiennent le système immunitaire.
Les postbiotiques peuvent être administrés aux patients immunodéprimés et ne nécessitent pas la chaîne de froid (stables, sûrs et bien tolérés)
A l’heure actuelle, les postbiotiques sont encore réservés dans la prévention du cancer de colon et des cas spécifiques.
En résumé
Le microbiote intestinal est un véritable chef d’orchestre de la santé, agissant bien au-delà de la simple digestion. Lorsqu’il est déséquilibré, il peut favoriser l’apparition de troubles et affaiblir vos défenses, parfois sans signes évidents au départ.
Nos choix quotidiens tel que l’alimentation, le mode de vie, les traitements, … ont un impact direct sur cet équilibre fragile. Prendre soin de notre microbiote aujourd’hui, c’est investir concrètement dans notre bien-être et prévenir de nombreux déséquilibres demain.
REFERENCES
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https://www.stc-nutrition.fr/fr/dossiers/conseils-au-quotidien/postbiotique-microbiote-intestinal